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他摒弃了传统论文按部就班呈现数据的模式,而是以“方舟”
超算驱动的多尺度、动态模拟数据为核心证据链,构建了一个层层递进的叙事:
第一部分,他直接展示了SFR-1的“双面人格”
与变构开关机制。
利用“方舟”
生成的毫秒级分子动力学模拟动态图与精确的能量景观计算,他清晰地阐述了SFR-1如何作为一个分子决策器,通过其构象变化,对不同状态的GpcR进行识别与选择。
这部分直接超越了科尔德斯普林仅仅“发现SFR-1能结合”
的浅层描述,揭示了其“智能”
调控的物理化学基础。
第二部分,他聚焦于“孤儿domain”
的精准识别功能。
通过量子力学及分子力学计算揭示的静电势与π-π堆积网络,他论证了这是如何实现与特定SNARE组合的“锁-钥”
匹配,并将此过程与细胞内第二信使(如钙离子)浓度动态关联,提出了“信号强度依赖的运输特异性”
新原理。
第三部分,也是最具颠覆性的部分,他展示了“影子网络”
的存在与功能。
利用“方舟”
数据模型推演出的动态网络演化视频,他直观地证明了在SFR-1功能受损时,细胞如何启动备份通路维持基本功能,揭示了细胞核心调控系统的“鲁棒性”
设计原则。
这从根本上动摇了寻找“唯一关键蛋白”
的传统思路。
在讨论部分,陆时羡没有停留在对自身数据的解读,而是将这一“智能调度网络”
的概念,提升到了系统生物学和合成生物学的高度。
他论述了这种分布式、冗余化的设计,可能是复杂生命系统在进化中形成的普遍策略;并展望了基于此原理,未来设计人工细胞智能控制系统、开发靶向“网络韧性”
而非单一节点的新型药物的广阔前景。
他的笔触冷静而克制,没有任何情绪化的表达,甚至没有直接引用或评论科尔德斯普林的那篇pNAS论文。
因为,通篇论文所展现出的理论深度、数据维度和系统性思维就像是一位巨人,只会平静地俯瞰着脚下那片由竞争对手开辟的、微不足道的浅滩。
当陆时羡将最终的论文稿发送给罗伯特、埃琳娜等核心合作者审阅时,邮件正文只有简短的一句话:
“masterpiece.(杰作)”
罗伯特教授在回复的邮件中,只用了一个词表达他阅读后的震撼:
“这是我们理解的新起点。”
论文最终成稿,如同经过千锤百炼的宝剑,收敛了所有锋芒,只剩下内敛而无可辩驳的力量。
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