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一支精简化、忠诚化、同时也被赋予了更大责任和期待的团队,正以一种更加坚定的姿态,重新投入探索真理的前路上。
挖角风波如同投入湖面的石子,涟漪终将散去。
在通过法律手段追索赔偿、并通过一系列谈话稳固了核心团队的人心之后,陆时羡深知,唯有更快地拿出无可争议的成果,才是对背叛者和竞争对手最有力的回击。
他将绝大部分精力重新投入到了“枢纽蛋白”
这一核心项目上,几乎住在了实验室。
然而,随着研究的深入,一个前所未有的瓶颈,如同一堵日益增厚的高墙,横亘在前进的道路上。
项目现阶段的核心任务,是穷举性地筛选和验证可能与GpcR及囊泡运输机器(SNARE复合物等)同时存在相互作用的候选蛋白,并模拟它们之间可能形成的、动态变化的超复合物结构。
埃琳娜·沃森教授领导的团队,利用冷冻电镜和一系列生物物理手段,已经筛选出数十个潜在的“候选者”
,并积累了大量关于它们构象变化的初始数据。
不过,问题也恰好就出在这里。
这天下午,在项目核心进展会议上,负责计算建模的新任负责人。
一位刚从普林斯顿引进的年轻天才博士赵栋梁,正满头大汗地汇报着,语气中充满了无力感。
“院长,沃森教授,我们现有的计算集群,已经满负荷运转了超过一周。”
赵栋指着屏幕上几乎停滞不前的进度条。
“但情况……很不乐观。”
他切换屏幕,展示出令人头疼的数据:
“我们目前面临的,是一个典型的多体、多尺度、长时间动态模拟问题。
以SFR-1这个首要候选蛋白为例”
“我们需要模拟其与GpcR的某个特定构象、以及至少一种SNARE蛋白核心组分,在接近生理环境,例如水分子、离子、膜磷脂双层下的相互作用。”
他放大了一个模拟框,里面是数以百万计的原子在运动。
“这涉及到数百万个原子,模拟时间尺度需要达到微秒级,才能捕捉到有生物学意义的构象变化和结合事件。
这还只是针对一个候选蛋白,与有限几个伙伴的简单情况。”
赵栋梁的声音带着一丝绝望:“而实际上,我们怀疑这个‘调度枢纽’可能是一个更大的、动态组装的蛋白网络。
我们需要同时考虑多个候选蛋白,多种GpcR类型,多种SNARE组合。”
“以及它们之间所有可能的竞争、协同或序贯结合关系。
这其中的组合爆炸,使得计算量呈现指数级增长。”
他调出了一张令人瞠目结舌的预估图:
“根据最保守的估算,要完成我们预设的全面筛选和动态验证,即使将现有计算机集群的全部算力投入于此,也需要……超过五十年。”
“五十年?”
罗伯特教授忍不住惊呼出声,脸上写满了难以置信,“我们等不了五十年!
也许五年后,冷泉港或者其他什么机构就已经发表成果了!”
埃琳娜的脸色也变得极其凝重,她补充了结构生物学面临的困境:“不仅如此,我们通过冷冻电镜和交联质谱获得的海量原始数据,其处理、分类、尤其是三维重构和异质性分析,同样需要巨大的算力。”
“没有强大的计算支持,我们就像拿着最先进的望远镜,却无法对焦,看到的只是一片模糊的光斑。”
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