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高层的决断如同按下了一个无形的加速键。
在“方舟”
一期工程紧锣密鼓地推进,选址地开始平整土地、规划基建的同时,另一项同样关键的“特批”
也以惊人的速度落地。
在国家生物计算平台专项领导小组的协调下,陆时羡及其核心团队获得了临时性的、高优先级的权限,可以远程访问并调用位于梁溪国家超算中心的、现役的“神威·太湖之光”
超级计算机的部分计算资源,专门用于“枢纽蛋白”
项目的紧急攻关。
这无疑是在“方舟”
这艘定制化航母建成下水前,先为他们调拨了一艘现役的、性能强大的核动力巡洋舰,以解燃眉之急。
当赵栋带领的计算团队,首次通过加密专线连入“神威”
的系统时,即使他们早有心理准备,也依然被这台国之重器所展现出的磅礴算力所震撼。
巨大的监控屏幕上,代表计算节点运行状态的灯海以令人目眩的速度闪烁,实时显示的浮点运算能力稳定在亿亿次级别。
这与他们之前使用的“鸿蒙”
集群相比,简直是天壤之别。
“院长,我们已经获得了‘神威’上共计512个计算组的临时独占权限,峰值性能接近1.5Exaflops!”
赵栋梁的声音因激动而有些颤抖。
“这比我们之前所有的计算资源加起来,还要高出两个数量级!”
然而,震撼之后,是更为严峻的挑战。
“神威”
采用的是独特的申威众核处理器架构,其编程模型、内存层次、编译器环境都与国际上主流的x86+GpU架构有着显着差异。
而陆时羡团队之前为基于x86和部分GpU开发和优化的类如如GRomAcS,NAmd的并行计算程序、分子动力学模拟软件以及自定义的分析脚本,无法直接在“神威”
上运行。
“这就像突然给了我们一架最先进的航天飞机,但我们手里只有开拖拉机的驾照。”
计算研究组内一位年轻的计算生物博士苦笑着比喻。
面对挑战,陆时羡没有丝毫犹豫。
他立即在研究院内成立了“神威平台紧急攻关小组”
,由赵栋梁负责,并专程从江南计算技术研究所请来了几位对“神威”
架构有深入理解的专家进行联合攻关。
接下来的几周,计算中心的灯光几乎彻夜长明。
攻关小组面临的首要任务,是软件生态的移植与适配。
这并非简单的重新编译,而是需要对代码进行深度的重构和优化,以充分利用“神威”
处理器上大量的运算核心和特定的指令集。
“我们必须把一个大任务,分解成成千上万个能在这260个核心上高效并行跑起来的小任务,”
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